Upozornění pro čtenáře a uživatele této knihy

Všechna práva vyhrazena. Žádná část této tištěné či elektronické knihy nesmí být reprodukována ani šířena v papírové, elektronické či jiné podobě bez předchozího písemného souhlasu nakladatele. Neoprávněné užití této knihy bude trestně stíháno.

Doc. MUDr. Tibor Hlavatý, PhD.

ZÁKLADY KLINICKÉHO VÝSKUMU

Recenzie:

Prof. MUDr. Viera Kupčová, CSc.

Prof. MUDr. Daniela Ostatníková, PhD.

Vydanie odbornej knihy schválila Vedecká redakcia nakladateľstva Grada Publishing, a.s.

© Grada Publishing, a.s., 2016

Cover Photo © allphoto, 2016

Vydala Grada Slovakia, spol. s r. o.

Moskovská 29, Bratislava

ISBN 978-80-8090-008-3

Vydala Grada Publishing, a.s.

U Průhonu 22, Praha 7

ISBN 978-80-247-5713-1

ako svoju 6115. publikáciu

Zodpovedná redaktorka Mgr. Miroslava Kováčiková

Sadzba a zalomenie Josef Lutka

Formát ePub Štěpán Böhm

Počet strán 240

1. vydanie, Bratislava, Praha 2016

Vytlačili Tiskárny Havlíčkův Brod, a.s.

Názvy produktov, fi riem a pod., použité v tejto knihe, môžu byť ochrannými známkami alebo registrovanými ochrannými známkami príslušných vlastníkov, čo však nie je zvláštnym spôsobom vyznačené.

Postupy a príklady v knihe, rovnako aj informácie o liekoch, ich formách, dávkovaní a aplikácii sú zostavené s najlepším vedomím autorov. Z ich praktického uplatnenia nevyplývajú pre autorov ani pre nakladateľstvo žiadne právne dôsledky.

ISBN 978-80-271-9041-6 (ePub)

ISBN 978-80-271-9040-9 (pdf)

ISBN 978-80-247-5713-1 (print)

Poďakovanie

Chcel by som sa srdečne poďakovať všetkým, ktorí sa spolupodieľali na príprave tejto knihy. Na prvom mieste ďakujem mojej manželke MUDr. Alene Hlavatej, PhD., ktorá bola prvým čitateľom, prísnym kritikom a neúnavným korektorom napísaných kapitol.

Moja vďaka patrí aj prof. MUDr. Jurajovi Payerovi, PhD., FRCP, kolegovi a priateľovi, ktorého podpora pri písaní tejto knihy bola neoceniteľná. V neposlednom rade ďakujem svojim kolegom MUDr. Tomášovi Kollerovi, PhD., MUDr. Anne Krajčovičovej a MUDr. Martinovi

Huorkovi, CSc. za plodné diskusie, z ktorých sa zrodila táto kniha. Moja vďaka patrí tiež recenzentom prof. MUDr. Daniele Ostatníkovej, PhD. a prof. MUDr. Viere Kupčovej, PhD. za ich čas a cenné pripomienky, ktoré knihu vylepšili.

Ďakujem tiež redaktorom nakladateľstva Grada Publishing MUDr. Miroslavovi Lomíčkovi a Mgr. Miroslave Kováčikovej, ktorých odborná práca a erudícia pretavila manuskript do profesionálne pripravenej knihy.

Úvod

Ak ste si kúpili túto knihu, zrejme s klinickým výskumom začínate a chystáte sa na diplomovú alebo doktorandskú prácu. Poprípade už máte prvé projekty za sebou a radi by ste svoju prácu zdokonalili, zrýchlili a zlepšili. Ak hľadáte knihu o tom, ako správne pripraviť výskum, ako naplánovať veľkosť súboru, zvoliť správne metódy, ako na pár kliknutí zrealizovať štatistické analýzy alebo ako napísať prácu, ktorú môžete publikovať v slušnom žurnále, držíte v ruke správnu knihu.

Hovorí sa, že expert je ten, ktorý už vo svojej oblasti urobil všetky možné chyby a tak sa ich vie vyvarovať. V takom prípade som vážny kandidát na experta pre metodiku klinického výskumu. Pri mojich prácach doma aj v zahraničí som už zažil asi každú katastrofu, ktorá sa začínajúcemu výskumníkovi môže udiať. Či už to bol zle naplánovaný výskum bez odpovede na ciele projektu, cez narušenie databázy údajov až po rozsypanie sa viac ako dvesto citácií vo finálnej verzii mojej habilitačnej práce. Medzičasom som sa poučil a zatiaľ čo napísať moju prvú prácu mi trvalo večnosť, dnes to ide hladko, rýchlo a zvyčajne sa ju rýchlo podarí aj publikovať v slušnom žurnále. Stojí za mnou k dnešnému dňu viac ako štyridsať publikovaných vedeckých prác v medzinárodných časopisoch, tri knihy a niečo cez päťsto citácií na moje výsledky.

Rád by som sa preto o svoje skúsenosti podelil a pomohol vám urobiť váš projekt rýchlejšie, lepšie a so zaslúženým úspechom v podobe kvalitnej publikácie. Knihu som sa snažil písať stručne, jasne a dokumentovať ju konkrétnymi príkladmi z úspešných vedeckých projektov. Ak sa mi podarilo klinickú vedu pre čitateľa zjednodušiť a nadchnúť ho pre vedecké poznávanie, kniha splnila svoj účel.

Ďakujem, že ste si ju kúpili, a prajem príjemné čítanie.

Tibor Hlavatý

8. septembra 2015

1Práca sliteratúrou

Napriek pokrokom vnašom poznaní príčin chorôb, napriek novým diagnostickým metódam anovým liečebným postupom zostáva vmedicíne veľa neznámeho azáhadného. Cieľom klinického výskumu je toto neznáme azáhadné odhaľovať, t. j. skúmať príčiny ochorení, lepšie možnosti diagnostiky, hľadať účinnejšiu liečbu apopísať prognózu chorôb aich komplikácie. Nazačiatku klinického výskumu je preto doteraz nezodpovedaná otázka, klinický problém, ktorého riešenie nepoznáme. Cieľom výskumu je tak nájsť navedeckú otázku dosiaľ neznámu odpoveď. Toto sú niektoré príklady vedeckých otázok: ako často sa dané ochorenie vyskytuje akto je naň najviac náchylný? Čo dané ochorenie zapríčiňuje? Ktorá diagnostická metodika je najpresnejšia alebo či je nová liečba úspešnejšia ako doteraz používaná?

Nato, aby sme vedeli zadefinovať, čo je neznáme, potrebujeme vedieť, čo sa odanom probléme už vyskúmalo, čo už známe je ačo, naopak, stále nevieme. Nazačiatku klinického výskumu je preto zadefinovanie problému apomerne široká klinická otázka. To, ako špecificky je otázka definovaná, je zvyčajne dané podľa stupňa expertízy autora. Ak vypracovávate diplomovú prácu, vedeckú otázku asi sformuluje váš vedúci. Ak pracujete nadoktorandskom projekte, postupne budete relevantné vedecké otázky spoludefinovať sami. Neskôr už sa očakáva, že vedecký problém si budete vedieť definovať sami.

Žijeme vdobe explózie vedeckého výskumu. Je preto vysoko pravdepodobné, že klinickému problému, ktorý sa chystáte riešiť, sa už niekto venoval. Určite sú publikované desiatky štúdií anaproblém vyslovilo svoj názor mnoho expertov. Dokonca je možné, že daný problém je už vyriešený apredmetný klinický výskum tak vlastne nemá význam. Nie je nič frustrujúcejšie, ako sa bezhlavo pustiť dovedeckého výskumu azistiť, že vaše výsledky sú už dávno známe, desaťkrát odpublikované aokomentované. Takýto výskum sa, bohužiaľ, ešte stále veľmi často vykonáva, jeho prínos je minimálny aojeho výsledky nemá záujem žiaden seriózny časopis. Ak by niekto začal skúmať, či je penicilín účinný nastreptokokovú angínu, mrhá časom aj energiou.

Nazačiatku vedeckého projektu je preto potrebné dôsledne si preštudovať dostupnú literatúru. Získať aprečítať všetky relevantné publikácie, ktoré sa problému venovali, aké metódy sa použili, aké problémy sa pri výskume vyskytli anazáver zadefinovať oblasti, ktoré zostávajú neznáme, alebo vktorých sú doterajšie výsledky kontroverzné. Napríklad, ak chceme preskúmať či zafarbenie sliznice čreva roztokmi neškodných farbiacich činidiel (chromoendoskopia) zlepšuje diagnostiku malých nádorov aprekanceróznych zmien vhrubom čreve, musíme si prečítať, či už niekto podobné štúdie realizoval, aké metódy použil, koľko pacientov vyšetril, aké mal výsledky, či nezaznamenal vedľajšie účinky farbičiek aaké závery zo štúdií vyvodil.

Prehľad dostupnej literatúry sa nazýva bibliografická rešerš. Výsledky takej rešerše sa často spolu skomentármi autora publikujú ako osobitná publikácia, ktorá má názov prehľadová práca alebo review. Osobitná štruktúrovaná forma takejto rešerše sa nazýva systematický prehľad (pozri kapitolu Systematický prehľad ameta-analýza).

1.1Prehľad vedeckej literatúry

Úvodné informácie oprobléme je možné získať preštudovaním kníh ako sú učebnice alebo špecializované publikácie nadanú tému. Vknihách je možné získať najmä prehľad oproblematike, ľahko je možné porozumieť hlavným princípom akontextu daného problému. Informácie vknihách sú však, bohužiaľ, zvyčajne už včase publikácie niekoľko rokov staré. Knihy tak nie sú schopné zahrnúť najnovšie informácie oproblematike, ako sú napríklad nové lieky alebo nové diagnostické metódy. Rešerš vedeckej problematiky sa preto sústreďuje navedecké články, publikované vodborných časopisoch.

Ešte pred pätnástimi rokmi sa rešerš vykonávala tak, že záujemca zašiel dolekárskej knižnice, zadal knihovníkovi tému aopár týždňov si prišiel povýsledky vpodobe odkopírovaných článkov, takzvaných separátok. Rešerš bola doplnená dvomi-tromi knihami, poväčšinou staršieho dáta. Výsledky boli obmedzené bibliografickými zdrojmi danej knižnice aschopnosťou knihovníka zohnať vsusednej knižnici niečo navyše. Táto doba je už dávno preč. Vsúčasnosti je základom rešerše problematiky vo všetkých biomedicínskych vedách databáza publikácií PubMed, ktorú spravuje americká Národná lekárska knižnica (National Library of Medicine). Databáza je dostupná nastránke pubmed.org alebo www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/. NaPubMede existujú aj ďalšie databázy údajov, ako sú napríklad katalóg kníh, sekvencie ľudských génov, chemických látok alebo databázy genetických ochorení.

Vposledných rokoch vznikajú rôzne alternatívne vyhľadávače publikácií, ktoré buď automatizujú vyhľadávanie naPubMede, alebo používajú vlastnú databázu publikácií. Asi najvýznamnejšími alternatívami je bezplatný Google scholar aplatený Scopus. Posledný rok – dva sa rozvíjajú aj databázy publikácií vo forme sociálnych sietí, ako je ResearchNet alebo Mendeley. Vtýchto aplikáciách zadávajú svoje publikácie samotní autori apre registrovaných členov sú často dostupné aj vplnotextovej verzii. Niektoré knižnice ponúkajú vlastný prístup naPubMed, prípadne doplnený oprehľadávanie vlastných zdrojov alebo plnotextový prístup napredplatené časopisy. NaSlovensku má podobný portál Centrum vedecko-technických informácií, dostupný nawebstránke: www.cvtisr.sk.

1.1.1PubMed

PubMed je vyhľadávací nástroj Národnej lekárskej knižnice Spojených štátov amerických. Je dostupný nainternetovej adrese www.ncbi.nlm.gov/pubmed.org. Pomocou PubMedu je možné vyhľadávať články zodborných lekárskych časopisov, ktoré sú dostupné vdatabáze Medline. Medline systematicky zhromažďuje všetky články zvybraných asi 5600 najvýznamnejších vedeckých časopisov zcelého sveta. Väčšina odborných článkov sa vsúčasnosti publikuje vangličtine, dodatabázy sa však zaraďujú aj abstrakty článkov znárodných časopisov. Zo Slovenska je napríklad naMedline časopis Bratislavské lekárske listy alebo Neoplasma, zčeských časopisov napríklad Vnitřní lékařství. Hoci PubMed je vyhľadávací nástroj (search engine) aMedline databáza, tieto dva názvy sa používajú takmer synonymicky. PubMed je vo svojej podstate niečo ako google pre vedecké práce. Články, ktoré nie sú naPubMede (Medline), sú vdrvivej väčšine prípadov bez väčšieho významu.

Databáza Medline vznikla vroku 1971 aaž doroku 1996 bola dostupná len cez sieť knižníc, ktoré mali kdatabáze prístup. Vroku 1997 bola databáza vtedajším viceprezidentom USA Al Gorom slávnostne sprístupnená verejnosti aodvtedy je dostupná prostredníctvom internetového vyhľadávača PubMed zadarmo apre každého. Medline nadviazal nadovtedajší písomný katalóg vedeckých článkov Index Medicus, ktorý sa viedol odroku 1951. Všetky práce ztohto katalógu sú zaradené aj dointernetovej databázy. DoMedlinu boli postupne zaradené aj články popredných časopisov sdlhoročnou tradíciou, ako je Science alebo British Medical Journal, ato odich založenia. Vniektorých prípadoch sú tak naMedline aj práce z19. storočia siahajúce až doroku 1809.

Vsúčasnosti je vdatabáze Medline registrovaných asi 25 miliónov článkov akaždoročne sa pridáva ďalších asi 500000 nových odborných avedeckých článkov. Medzi odborné články patria vedecké štúdie zo všetkých teoretických oblastí aklinických odborov medicíny, ako sú napríklad genetické štúdie, epidemiologické štúdie, patofyziologické štúdie, kazuistiky, klinické štúdie sliekmi, prehľadové práce, meta-analýzy aodporúčania odborných spoločností. Štandardnou súčasťou každého záznamu je názov práce, jej autori, časopis, rok publikácie, číslo astrana, typ článku aštandardizované kľúčové slová (MeSH termíny, Medical Subject Headings). Asi polovica prác má zaradený aj abstrakt vanglickom jazyku. Abstrakty sú však dostupné pre väčšinu významných originálnych prác, vrátane publikácií vjazykoch iných ako angličtina. Takisto asi polovica prác má uvedený odkaz (link) naplnú verziu článku vodbornom časopise. Väčšina plnotextových verzií článkov je dostupná len pre predplatiteľov daného časopisu alebo pre členov lekárskych knižníc, ktoré si daný časopis predplatili. Menšia časť (asi 3,8 milióna prác) je však dostupná vplnej verzii zadarmo. Ide buď opráce publikované vo formáte otvoreného prístupu (Open Acces), alebo očlánky sodstupom 6–24 mesiacov odich publikovania vdanom časopise. Keďže citácie doMedline zadávajú samotní vydavatelia, bývajú vo väčšine prípadov dostupné takmer okamžite poich uverejnení vdanom časopise.

Spôsob vyhľadávania naPubMede je vzhľadom naobrovský počet vedeckých prác veľmi dôležitý. Cieľom vyhľadávania je nájsť tie najrelevantnejšie práce kdanej téme aneprekročiť počet výsledkov vyhľadávania cez únosnú mieru 100–200 článkov. Našťastie, vyhľadávanie naPubMede je pomerne intuitívne aaj bez väčšieho zaškolenia je možné ihneď začať sPubMedom pracovať. Stačí zadať dve tri kľúčové slová aPubMed vyhľadá relevantné odborné články. Poznanie princípov vyhľadávania však dokáže výrazným spôsobom zvýšiť efektivitu práce, identifikovať dôležité práce avynechať balast. Nasledujúca kapitola je preto venovaná otázke, ako naPubMede nájsť tie najdôležitejšie práce sčo najmenšou námahou.

PubMed má aj slabé miesta, apreto sa vďalšej kapitole venujeme jeho alternatívam adoplneniam. Prvou slabinou je, že Medline obsahuje iba vedecké články zčasopisov, chýbajú však knihy,

abstrakty zkonferencií amnohé ďalšie zdroje. Najmä vsúčasnej stále sa zrýchľujúcej dobe sú tak najaktuálnejšie informácie prezentované navedeckých konferenciách apublikované ako abstrakty vzborníkoch. Publikácia vo forme článku, ktorý sa dá nájsť naPubMede je dostupná často až o1–2 roky. Ďalšou slabinou je, že PubMed nemá mechanizmy natriedenie článkov podľa ich významu. Existujú prelomové práce aj bezvýznamné replikácie iných prác aPubMed ich nevie identifikovať. Výsledkom býva neštruktúrovaný zoznam stoviek prác, ktoré treba manuálne prehliadať. Trošku ťažkopádne je sociálne zdieľanie prác aich stiahnutie docitačného softvéru. Odhliadhnuc odtýchto slabín PubMed zostáva prvým aťažiskovým nástrojom pri bibliografickej rešerši.

Základné vyhľadávanie naPubMede

Popripojení sa nainternetovú stránku PubMedu sa ukáže úvodná stránka tak, ako je zobrazená naobrázku 1.1.

Obr. 1.1 Úvodná stránka vyhľadávača PubMed Národnej lekárskej knižnice USA

Naúvodnej stránke je možné priamo zadať kľúčové slová avyhľadávať, je možné zvoliť vyhľadávanie vďalších zvedeckých databáz Národnej lekárskej knižnice (sekvencie génov, dedičné ochorenia, taxonómia atď.). Takisto je možné prihlásiť sa dovlastného účtu, čo rozoberá samostatný odsek nižšie vtejto kapitole. Príklady výsledkov vyhľadávania naPubMede sú znázornené naobrázku 1.2.

Obr. 1.2 Výsledky vyhľadávania naPubMede podľa kľúčových slov

Počet výsledkov vyhľadávania je daný najmä počtom ajedinečnosťou termínov zadaných dovyhľadávacieho riadku. Ak sú tieto termíny všeobecné, ako napríklad „disease“, výsledkom vyhľadávania budú rádovo desaťtisíce článkov. Pri úzko špecifikovaných termínoch, ako je napríklad „Hlavaty T“, bude výsledkom niekoľko desiatok článkov. Ak sa zadá jeden termín, výsledkov bude veľa, pri piatich vyhľadávacích slovách zopár článkov, prípadne aj žiaden. Pokiaľ nie je užívateľom špecifikované inak, PubMed vyhľadáva články, ktoré obsahujú všetky vyhľadávacie termíny. Užívateľ môže nastaviť, koľko výsledkov si praje zobraziť naraz, podľa akej vlastnosti ich zoradiť (dátum publikácie, relevancia, názov) avakom bibliografickom formáte (abstrakt, citácie, iba text atď.).

Vštandardnom prednastavenom zobrazení je pri každom článku uvedený názov, autori, časopis, rok vydania, číslo astrana publikácie. Ďalej je uvedený dátum prvej elektronickej publikácie článku, jeho jedinečný digitálny identifikátor „doi“ (digital object identifier) ajedinečné katalogizačné číslo vPubMede, tzv. PMID (PubMed identification). Takisto sa uvádza, či má článok abstrakt, či je dostupný fulltext (článok vcelom znení, najčastejšie vo formáte pdf) alebo bezplatný fulltext článku. Naľavej strane pred článkom je zaškrtávacie políčko naoznačenie článku. Označené články je možné skopírovať dodočasnej schránky (Clipboard), odoslať si ich emailom alebo ich stiahnuť došpeciálneho softvéru namanažovanie bibliografických odkazov, tzv. citačného softvéru (pozri kapitolu Citačný softvér).

Optimalizácia vyhľadávania naPubMede

Vyhľadávanie naPubMede je intuitívne auž pri zadávaní kľúčového slova sa ponúkajú alternatívy najčastejších termínov. Výsledky však môžu byť nešpecifické apriveľmi početné. Cieľom optimalizácie vyhľadávania je zúžiť výsledky načo najrelevantnejšie články anevynechať pritom žiadne dôležité výsledky.

Pre zlepšenie vyhľadávania naPubMede je preto užitočné pochopiť jeho systém vyhľadávania. Medline používa unikátny kontrolovaný slovník biomedicínskych termínov, ktoré sa nazývajú MeSH (Medical Subject Headings). MeSH termíny sú usporiadané dohierarchického stromu apravidelne aktualizované. Každý článok, ktorý je doplnený doMedline odroku 2003 má priradené priliehajúce MeSH termíny. Tieto sa typicky týkajú typu publikácie (klinická štúdia, prehľadový článok atď.), orgánového systému, subjektov výskumu (zvieracie modely, pacienti, vek, pohlavie) ahlavných kľúčových slov.

Pri intuitívnom vyhľadávaní sa vyhľadávané slová najprv hľadajú medzi MeSH termínmi, potom vindexovanom zozname špecializovaných časopisov, potom vindexovanom zozname mien autorov, nakoniec vo všetkých položkách záznamu. Akonáhle nájde PubMed zodpovedajúce kľúčové slovo, obmedzí vyhľadávanie naindexované články videntifikovanom okruhu. Pri nešpecifickom vyhľadávaní PubMed hľadá články, ktoré obsahujú všetky vyhľadávacie termíny.

Pri optimalizácii vyhľadávania sa využívajú viaceré nástroje:

1.logické operátory AND, OR aNOT spolu so zátvorkami nazoskupovanie termínov,

2.trunkácia (skrátenie) slov pomocou znaku hviezdičky *,

3.zúženia vyhľadávania nakonkrétne pole bibliografického záznamu, napríklad iba naautorov Hlavaty [Author],

4.používanie celých fráz pomocou úvodzoviek „ “,

5.kombinovanie jednotlivých vyhľadávaní označených vhistórii prehľadávania (History) pomocou znaku # ačísla hľadania.

Príklad použitia viacerých optimalizačných nástrojov vyhľadávania naPubMede je naobrázku 1.3.

Obr. 1.3 Optimalizácia vyhľadávania pomocou logických operátorov, trunkácie, zúženia polí akombinácie vyhľadávaní

PubMed dokáže rozpoznávať tri logické operátory, ktoré musia byť zadané sveľkými písmenami. Operátor AND znamená, že dovyhľadávania sa zaradia práce, ktoré obsahujú všetky vyhľadávané termíny. Naopak operátor OR znamená, že sa zaradia práce, ktoré obsahujú ktorýkoľvek zvyhľadávacích termínov aoperátor NOT znamená, že sa zaradia práce obsahujúce prvý aneobsahujúce druhý zhľadaných termínov. Príklady sú uvedené naobrázku 1.4.

Obr. 1.4 Vyhľadávanie naPubMede pomocou logických operátorov AND, OR aNOT

Jednotlivé kľúčové slová sa môžu pomocou logických operátorov kombinovať, pričom je možné kombinácie logických operátorov ohraničiť zátvorkami. Vtom prípade PubMed vyhľadá najprv všetky práce spĺňajúce vyhľadávacie kritérium vnútri zátvorky anásledne kombinuje vyhľadané zoznamy podľa ďalších logických operátorov medzi výrazmi ohraničenými zátvorkami. Napríklad (Ulcerative AND colitis) OR (Inflammatory AND bowel AND disease) vyhľadá práce, ktoré obsahujú buď oba termíny ulcerative aj colitis (ulcerative AND colitis), alebo (OR) všetky tri termíny inflammatory aj bowel aj disease.

Ďalším znástrojov optimalizácie vyhľadávania je trunkácia slov pomocou znaku*. Ak sa nakoniec hľadaného reťazca pridá znak*, PubMed bude vyhľadávať slová sakoukoľvek koncovkou nasledujúcou pozadanom reťazci. Napríklad ak sa zadá termín colonoscop*, PubMed bude hľadať všetky články obsahujúce slová colonoscope, colonoscopes, colonoscopy, colonoscopic atď. Táto funkcionalita je veľmi praktická, ak sa niektorý termín používa vo viacerých ustálených verziách alebo ako podstatné aj prídavné meno, napr. colonoscopy screening alebo colonoscopic screening.

Tretím zoptimalizačných nástrojov je špecifikácia poľa, vktorom sa má vyhľadávaný výraz hľadať. Zadáva sa vo forme plného názvu poľa alebo jeho skratky tesne zavyhľadávaný výraz vhranatých zátvorkách, napríklad Head [Author] alebo Head [AU] obmedzí vyhľadávanie výrazu head (hlava) iba naautorov stýmto menom anie naakúkoľvek zmienku ohlave včlánku. Zoznam bibliografických polí (kategórií, tagov) je vtabuľke 1.1.

Tab. 1.1 Zoznam bibliografických kategórií (tags) naPubmede

Affiliation [AD]

Article Identifier [AID]

All Fields [ALL]

Author [AU]

Author Identifier [AUID]

Book [book]

Comment Corrections

Corporate Author [CN]

Create Date [CRDT]

Completion Date [DCOM]

EC/RN Number [RN]

Editor [ED]

Entrez Date [EDAT]

Filter [FILTER]

First Author Name [1AU]

Full Author Name [FAU]

Full Investigator Name [FIR]

Grant Number [GR]

Investigator [IR]

ISBN [ISBN]

Issue [IP]

Journal [TA]

Language [LA]

Last Author [LASTAU]

Location ID [LID]

MeSH Date [MHDA]

MeSH Major Topic [MAJR]

MeSH Subheadings [SH]

MeSH Terms [MH]

Modification Date [LR]

NLM Unique ID [JID]

Other Term [OT]

Owner

Pagination [PG]

Personal Name as Subject [PS]

Pharmacological Action [PA]

Place of Publication [PL]

PMID [PMID]

Publisher [PUBN]

Publication Date [DP]

Publication Type [PT]

Secondary Source ID [SI]

Subset [SB]

Supplementary Concept[NM]

Text Words [TW]

Title [TI]

Title/Abstract [TIAB]

Transliterated Title [TT]

UID [PMID]

Version

Volume [VI]

Pozn.: Tučným písmom sú zvýraznené kategórie, ktoré sa najčastejšie využívajú.

Štvrtým spôsobom špecifikácie vyhľadávania je použitie celých fráz, ktoré sa označia úvodzovkami alebo označením [tw]. Napríklad „colonoscopy screening“ bude hľadať iba články, ktoré majú vbibliografickom zázname danú frázu anie všetky články, ktoré obsahujú slovo screening acolonoscopy.

Posledným spôsobom špecifikácie je kombinácia uložených vyhľadávaní, ktoré sa označujú znakom # aporadovým číslom vyhľadávania. Je tak možné kombinovať výsledky vyhľadávaní bez nutnosti prácne opätovne zadávať celé výrazy ahľadacie vety.

Individualizácia vyhľadávania naPubMede

Veľmi významnou funkciou PubMedu je možnosť vytvoriť si vlastný účet vNárodnom centre biotechnologických informácií (NCBI). Účet je zadarmo aprináša niekoľko výhod. Prihlásený užívateľ si môže individualizovať vyhľadávací proces naPubMede podľa prednastavených filtrov. Môže si uchovávať výsledky vyhľadávania avytvoriť si vlastné priečinky suchovávanými článkami. Ďalej je možné nastaviť si automatické vyhľadávanie vnovo-pridaných článkoch aodoberanie týchto výsledkov formou RSS kanála (pozri nižšie) alebo posielaním emailov. Pre registrovaných členov bola vroku 2014 vytvorená nová sociálna funkcionalita PubMed COMMONS. Táto umožňuje pridávať kpublikovaným článkom komentáre adiskutovať tak ovedeckých zisteniach.

Obr. 1.5 Individualizácia výsledkov vyhľadávania naPubMede

Veľmi užitočnou funkciou PubMedu je nastavenie individuálnych filtrov vyhľadávania. Pomocou filtrov je možné zúžiť výsledky vyhľadávania podľa vami špecifikovaných kritérií. Kritériá je možné zadefinovať pre všetky bibliografické kategórie článkov naPubMede. Je možné zadefinovať filter iba naroky publikácie, napríklad zaposledné tri roky. Užívateľ si môže nastaviť filter nakonkrétne časopisy, napríklad natie, ktoré odoberá amá knim plnotextový prístup. Ďalej je možné zadefinovať kritériá pre kľúčové slová vnázve, abstrakte alebo MeSH termínoch. Prefiltrovať tak možno napríklad len články, ktoré majú vnázve „Meta-analysis“ alebo „Randomised control trial“. Rovnako je možné filtrovať iba určité typy publikácií, ako sú prehľadové práce, kazuistiky, klinické štúdie apodobne. Pri definovaní filtrov je možné použiť všetky optimalizačné funkcie vyhľadávania, ako je

použitie logických operátorov, univerzálneho doplňovania slov pomocou hviezdičky „ * “ alebo špecifikáciu bibliografickej kategórie vhranatej zátvorke zavyhľadávacím termínom [AU] = autor. Použitie filtrov výrazne zefektívňuje vyhľadanie vhodných článkov aspolu scitačným softvérom umožňuje bez väčšej námahy uvádzať dovlastnej vedeckej práce prislúchajúce citácie naodborné práce.

Vneposlednom rade umožňuje PubMed automatizovať aktualizácie vyhľadávania pomocou RSS kanála (RSS feed). RSS znamená Realy simple syndication aumožňuje užívateľom odber noviniek zo stránky, ktorá ponúka RSS kanál. Najeho použitie je potrebné mať RSS čítačku, napríklad vmailovom programe. Ak pozadaní vyhľadávacieho reťazca vPubMede zvolíme funkciu RSS, ukáže sa nám internetová adresa. Túto zadáme doRSS čítačky, napríklad vmailovom programe (Mozila Thunderbird, Outlook apod.). Následne vždy, keď je dodatabázy Medline pridaný nový článok vyhovujúci pôvodne zadaným kritériám, je tento odoslaný ako RSS správa dočítačky. Táto funkcia umožňuje doslova denne získavať aktuálne informácie otéme, ktorá je predmetom záujmu výskumníka.

1.1.2Doplnky arozšírenia PubMedu

PubMed je systém otvorený aj pre aplikácie tretích strán. Vyhľadávanie naPubMede je tak možné ďalej zefektívniť avnasledujúcom texte predstavím dva užitočné doplnky PubMedu. Prvým je PubMatrix, dostupný naadrese http://pubmatrix.irp.nia.nih.gov/secure-bin/index.pl. Druhým je HubMed, dostupný naadrese http://hubmed.org.

PubMatrix

PubMatrix umožňuje zadať dva zoznamy vyhľadávacích termínov, tak, ako je zobrazené naobrázku 1.6.

Obr. 1.6 Úvodná stránka PubMatrixu

Vyhľadávanie sa vykonáva iba mimo pracovnej doby vUSA apodľa počtu kombinácií kľúčových slov môže trvať aj niekoľko minút. Systém pozadaní kľúčových slov automaticky vyhľadá vPubMede všetky dvojkombinácie termínov zprvého adruhého zoznamu. Výsledkom je tabuľka, vktorej je vriadkoch zoznam kľúčových slov zadaných ako „Search terms,“ vstĺpcoch zoznam kľúčových slov zadaných ako „Modifier terms“ ajednotlivých bunkách tabuľky je počet článkov, ktoré PubMed našiel pre kombináciu kľúčového slova daného riadku adaného stĺpca, pozri obrázok 1.7. Napríklad ak zadáme doprvého zoznamu termíny „breastfeeding“ a„milk formula“ adodruhého „Crohn* disease“ a„ulcerative colitis“, systém vyhľadá články, ktoré obsahujú termíny „breastfeeding“ a„Crohn* disease“, „breastfeeding“ a„ulcerative colitis“, „milk formula“ a„Crohn* disease“, „milk formula“ a„ulcerative colitis“.

Obr. 1.7 Výsledky vyhľadávania kombinácie kľúčových slov vPubMatrixe

PubMatrix je mimoriadne užitočný nástroj vprípade, že je nutné vykonať veľký počet vyhľadávaní aprípadne výsledky týchto vyhľadávaní uchovať aj dobudúcnosti. Napríklad ak vyhľadávame články zaoberajúce sa jednotlivými génmi, biochemickými parametrami, cytokínmi alebo rizikovými faktormi zpreddefinovaného zoznamu pri rôznych ochoreniach. Typickým použitím je príprava diskusie kčlánku svlastnými výsledkami, kde konfrontujeme naše zistenia (zoznam 1) pri sledovaných ochoreniach (zoznam 2). PubMatrix nám tak umožňuje automaticky pripraviť prehľady ku každému zisteniu atieto vdiskusii kčlánku okomentovať.

HubMed

HubMed je jedným zalternatívnych rozhraní vyhľadávania na

PubMede. Ponúka dve unikátne funkcie.

Prvou výhodou je možnosť zadať dlhý zoznam referencií aHubMed nájde každý jednotlivý článok vPubMede. Následne je možné všetky vyhľadané články stiahnuť docitačného softvéru. Táto funkcionalita je veľmi pohodlná, pokiaľ si chceme rýchlo stiahnuť desiatky citácií znejakého prehľadového článku dovlastného citačného softvéru namiesto prácneho vyhľadávania jednej citácie podruhej. So stiahnutými citáciami vcitačnom softvéri je možné následne pracovať, prečítať si abstrakty, dať automaticky vyhľadať fulltext alebo ich použiť ako citáciu kvlastnej práci.

Podruhé, HubMed integruje hľadanie naPubMede so zdieľaním článkov nasociálnych sieťach, ako je Twitter, bibliografická sieť Mendeley asledovaním citácií vdatabáze Scopus. Počet zdieľaní článku je tak indikátorom jeho významu aje to jeden zo spôsobov hodnotenia významu (renkovania, zanglického rank – prideliť význam) článkov. Renkovanie článkov je dôležité najmä pri veľkom počte podobných článkov naposúdenie toho, ktoré sú vedecky najvýznamnejšie (obr. 1.8).

Obr. 1.8 Príklad vyhľadávania pomocou HubMedu

Platené knižničné služby svyužitím PubMedu

Ďalšou zalternatív kverejne dostupnému PubMedu sú platené

bibliografické portály veľkých vydavateľstiev aspoločností. Popri základnej funkcii PubMedu zvyčajne ponúkajú dodatočné služby, ako je široká dostupnosť fulltextov, rýchly prehľad citovaných článkov ačlánkov citujúcich čítaný článok. Často je možné prehľadávať viacero databáz naraz azačleniť napríklad aj vyhľadávanie kníh ainých zdrojov. Medzi veľké bibliografické portály patrí napríklad portál Scopus spoločnosti Elsevier, Web of Science spoločnosti Thomson Reuters alebo portály EBSCO, Embase alebo Dynamed.

1.1.3Google scholar aalternatívne spôsoby vyhľadávania literatúry

PubMed je vsúčasnosti najvýznamnejší vyhľadávač vedeckých článkov voblasti medicíny. Nie je však jediný aexistuje mnoho alternatívnych adoplnkových ciest kvyhľadaniu vedeckých informácií. Spomenul by som najmä tri doplnkové bibliografické zdroje, ato národné lekárske knižnice aich národné vyhľadávače, vedecké sociálne siete, ako je napríklad ResearchNet, Mendeley alebo CiteULike ačoraz presnejší arozsiahlejší vyhľadávač Google scholar. Ako bolo spomenuté, PubMed má niekoľko slabších miest, ako je koncentrácia naanglickú literatúru, zhromažďuje iba časopisecké články, je ťažké posúdiť významnosť článku aplnotextovo je dostupných asi iba pätnásť percent článkov. Využitím spomínaných alternatívnych adoplnkových spôsobov je možné tieto slabiny vyvážiť azískať viac informácií.

Google scholar

Google scholar je špecializovaný podtyp internetového vyhľadávača Google so zameraním naakademickú literatúru dostupný nastránke http://scholar.google.com/. Narozdiel odPubMedu prehľadáva všetky vedecké disciplíny, nielen biomedicínske vedy. Príklad výsledkov vyhľadávania Google scholar je naobrázku 1.9.

Vporovnaní sPubMedom má niekoľko nesporných výhod aniekoľko slabých miest. Google scholar bol spustený vroku 2004 apostupne sa vypracoval natakmer plnohodnotnú alternatívu kPubMedu. Google scholar prehľadáva oveľa viac bibliografických databáz, zahŕňa nielen časopisecké zdroje, ale aj knihy, PhD. práce, abstrakty zkonferencií, menej významné časopisy neindexované naPubMede ačlánky naakademických internetových stránkach. Vroku 2014 obsahoval spolu asi 160 miliónov dokumentov, čo je vyše 6-násobne viac ako PubMed. Google scholar umožňuje poprihlásení doúčtu Google uchovávanie vyhľadaných článkov aj ich export docitačných softvérov, ako je EndNote. Odroku 2012 umožňuje aj uchovávanie azverejňovanie vlastných prác aautomatické vyhľadávanie publikácií, ktoré užívateľove články citujú. Využitím týchto údajov vypočítava Google scholar individuálny h-index užívateľa; h-index je scientometrický index, ktorý zohľadňuje akademickú produktivitu vedca. Vypočítava sa zpočtu publikácií aich citovanosti. Napríklad h-index10 znamená, že vedec publikoval desať prác, zktorých každá bola citovaná najmenej 10-krát.

Obr. 1.9 Výsledky vyhľadávania pomocou Google scholar

Okrem väčšieho rozsahu prehľadávaných zdrojov ponúka Google scholar aj ďalšiu zaujímavú funkciu, ato je automatické uvedenie počtu citácií daného článku. Toto umožňuje rýchlo identifikovať význam vedeckého článku. Čím je článok viac citovaný, tým je významnejší. Navyše pokliknutí napočet citácií sa automaticky zobrazia všetky citujúce zdroje, ktoré článok použili ako referenciu. Google scholar používa údaj opočte citácií ako hlavný parameter napridelenie významu článku. Najvýznamnejšie články ponúka ako prvé vo vyhľadávaní. Medzi ďalšie výhody Google scholar patrí, že uväčšieho počtu prác dokáže nájsť plnotextovú verziu.

Medzi slabiny Google scholar patrí nižšia kvalita vyhľadávania. Nie je možné spoľahnúť sa, že Google scholar zaradí dovyhľadávania aj nové články publikované vposledných mesiacoch. Navyše vzhľadom naveľkú váhu, ktorú Google scholar prikladá počtu citácií sa nové články zobrazujú nanižších miestach. Google scholar nehodnotí kvalitu poskytovaných informácií amôže dovýsledkov zaradiť aj nevedecké alebo pochybné zdroje. Ďalšou nevýhodou je menší rozsah bibliografických polí, ktoré Google scholar očlánkoch poskytuje. Ak sa stiahnu informácie docitačného softvéru, bývajú často neúplné amnohé údaje, ako je abstrakt, PubMedID alebo digitálny identifikátor článkov, chýbajú. Bez týchto údajov sú mnohé funkcie citačného softvéru, ako je napríklad automatický update článku alebo vyhľadanie fulltextu, nedostupné.

Česká aslovenská bibliografia

Vedecké sociálne siete

Mendeley je primárne citačný softvér (pozri kapitolu Citačný softvér), ktorého úvodná stránka poprihlásení je zobrazená naobrázku 1.10.

Obr. 1.10 Sociálna vedecká sieť acitačný softvér Mendeley

Obr. 1.11 Vedecká sociálna sieť ResearchGate

1.1.4Vyhľadávanie odborných kníh

1.2Ako napísať prehľadovú prácu?

1.2.1Štruktúra prehľadovej práce

1.2.2Citácie

Citácie vedeckých prác

Kniha

Kniha

1.2.3Citačný softvér

1.2.3.1Funkcie citačného softvéru

Vytvorenie vlastnej knižnice citácií

Vkladanie referencií docitačného softvéru

Správa knižnice citácií

Vkladanie citácií dotextového editora

Vytváranie zoznamov referencií

48

1.2.3.2EndNote

Nadštandardné funkcie programu EndNote

1.2.3.3Sente

1.3 Definovanie vedeckej otázky ahypotézy

Table of Contents

Poďakovanie

Úvod

1 Práca s literatúrou

1.1 Prehľad vedeckej literatúry

1.1.1 PubMed

Základné vyhľadávanie na PubMede

Optimalizácia vyhľadávania na PubMede

Individualizácia vyhľadávania na PubMede

1.1.2 Doplnky a rozšírenia PubMedu

PubMatrix

HubMed

Platené knižničné služby s využitím PubMedu

1.1.3 Google scholar a alternatívne spôsoby vyhľadávania literatúry

Google scholar

Česká a slovenská bibliografia

Vedecké sociálne siete

1.1.4 Vyhľadávanie odborných kníh

1.2 Ako napísať prehľadovú prácu?

1.2.1 Štruktúra prehľadovej práce

1.2.2 Citácie

Citácie vedeckých prác

1.2.3 Citačný softvér

1.2.3.1 Funkcie citačného softvéru

Vytvorenie vlastnej knižnice citácií

Vkladanie referencií do citačného softvéru

Správa knižnice citácií

Vkladanie citácií do textového editora

Vytváranie zoznamov referencií

1.2.3.2 EndNote

Nadštandardné funkcie programu EndNote

1.2.3.3 Sente

1.3 Definovanie vedeckej otázky a hypotézy